Odbijajući nastavničku govornicu pretvoriti u mjesto odakle će se rasprostirati marksistička ideologija, morao je potkraj 1947. napustiti katedru, a 1948. premješten je za knjižničara u Sveučilišnu knjižnicu.

Razbolio se te mu je 1951. određena invalidska mirovina. No, autentičan filozof, kakav je bio, Vuk-Pavlović još nije bio spreman za umirovljenje.

Godine 1958. pozvan je u Skopje gdje je na filozofskom fakultetu kao profesor ostao do 1971. a onda se nakon umirovljenja vratio u Zagreb. Tu je 13. studenoga 1976. umro.

I uz uporno polustoljetno prešućivanje ostavio je neizbrisiv trag u hrvatskoj filozofiji. S njime naša je filozofija bila na europskoj i svjetskoj razini.

Kao rođeni mislilac temelje svoje filozofije razradio je u prvom opsežnom djelu Spoznaja i spoznajna teorija. Raspravama posvećenim odgoju, napose djelom Ličnost i odgoj, Vuk-Pavlović je utemeljio izvornu filozofiju odgoja, i danas veoma aktualnu.

Svoje temeljno stajalište prema religiji iznio je u raspravi Misao o prirodi i spasenju, a o estetici u knjizi Duševnost i umjetnost.

Osobito su značajni njegovi prevodi na hrvatski indijskog književnika i filozofa R. Tagorea. Njegovo djelo Gitanjali preveo je 1914., a drama ČItra u Vuk-Pavlovićevom prijevodu izvedena je u HNK Zagreb 1915.. Prevodio je također švedskog književnika J. A. Strindberga i talijanskog G. Boccaccia.

Pjesnički je Pavao Vuk-Pavlović načela svoje etike i filozofije povijesti oblikovao u zbirkama soneta Zov i Razvaline.