Usprkos opsežnom korištenju životinjskih modela od ranih 1980-ih, oni nisu značajno pridonijeli istraživanju AIDS-a. Iako miševi, zečevi i majmuni rođeni s ozbiljnom imunodeficijencijom mogu biti inficirani virusom AIDS-a (HIV), niti jedna od tih vrsta ne razvija ljudski oblik AIDS-a.46 Od 150 čimpanzi inficiranih HIV-om od 1984. godine, samo je jedna navodno razvila simptome koji nalikuju simptomima AIDS-a.47,48 Čak i istraživači AIDS-a potvrđuju da je malo vjerojatno da se čimpanze, kao pripadnici ugrožene vrste koja rijetko razvija sindrom sličan AIDS-u, pokažu kao koristan model za razumijevanje i mehanizam infekcije ili terapijska sredstva.49

Ostali virusno-inducirani sindromi imunodeficijencije u ne-ljudskih životinja bili su hvaljeni kao vrijedni modeli za istraživanje AIDS-a, ali struktura virusa, simptomi i razvoj bolesti kod njih se izrazito razlikuju od AIDS-a.50 Michael Wyand, istraživač na životinjama, diskutirajući o terapiji protiv AIDS-a, obznanio je:

„Kandidirani lijekovi protiv virusa skenirani su pomoću in vitro sustava, a oni s profilima prihvatljive sigurnosti aplicirani su izravno na ljudima s malo učinkovite podrške od podataka dobivenih in vivo [na životinjama] sustavom. Razlozi za ovo su složeni, ali definitivno uključuju ... postojane stavove koje dijele mnogi, o tome da ne postoji predvidljiv životinjski model za HIV infekciju u ljudi.”51

Istraživačica AIDS-a Margaret Johnston složila se s tim: „Kod [životinjskih] modela za istraživanje HIV-a/AIDS-a nije uspostavljena jasna poveznica s imunitetom niti su dobiveni dosljedni rezultati potencijalne učinkovitosti različitih pristupa cijepljenja.”52 Zaista, od prvog kliničkog testiranja cjepiva protiv HIV-a 1987. godine, više od stotinu kliničkih testiranja financirao je Američki državni institut za alergije i infektivne bolesti kroz 2006. godinu. Pa ipak, svako cjepivo od njih više od 50 preventivnih i više od 30 terapijskih koja su bila uspješna protiv HIV-a/AIDS-a u istraživanjima na primatima pretrpjela su neuspjeh u kliničkim testiranjima na ljudima.53

Kliničko istraživanje na ljudima izoliralo je HIV, definiralo prirodni smjer bolesti i identificiralo faktore rizika.54 In vitro (kulture stanica i tkiva) istraživanje pomoću ljudskih bijelih krvnih zrnaca identificiralo je i učinkovitost i toksičnost lijekova protiv AIDS-a, uključujući AZT55, 3TC56 i inhibitore proteaze57. Američki federalni zakon, međutim, još uvijek nalaže zavaravajuće i nepouzdano testiranje toksičnosti na životinjama.